Methods in molecular diagnostics
Sylabus zajęć
Informacje podstawowe
Kierunek studiów
Biotechnology
Specjalność
-
Jednostka organizacyjna
Wydział Biologii
Poziom studiów
Studia drugiego stopnia
Forma studiów
Studia stacjonarne
Profil studiów
Profil ogólnoakademicki
Cykl dydaktyczny
2022-2025
Języki wykładowe
Angielski
Obligatoryjność
Fakultatywny
Blok zajęciowy
Przedmioty nieprzypisane
Prowadzący zajęcia
prof. dr hab. Johannes Bluijssen, h.bluyss@amu.edu.pl, prof. dr hab. Joanna Wesoły, j.wesoly@amu.edu.pl
|
Okres
Semestr 1
|
Forma zajęć / liczba godzin / forma zaliczenia
|
Liczba punktów ECTS
4.0
|
Cele kształcenia dla zajęć
To provide insight in the current state of the art of next generation sequencing (NGS)-based methods in Molecular Diagnostics, prognostics and predictive medicine.
Technologies include:
C1. Gene expression profiling technologies (Microarrays, RNAseq)
C2. Gene expression signatures in cancer Diagnostics, prognostics and predictive medicine.
C3. Chromatin binding technologies (ChIPseq)
C4. Diagnostics and Prognostics of Kidney Cancer
C5. Diagnostics and Therapeutics of Cardiovascular Disease
C6. Pre-natal Diagnostics (Genetics and Targeted Gene Sequencing-based techniques)
C7. Clinical Diagnostics: Multiplex Real-time PCR and NGS-based assays
Wymagania wstępne
To attain a working knowledge of current state of the art of next generation sequencing (NGS)-based methods in Molecular Diagnostics, prognostics and predictive medicine. Wherever possible e-learning will be incorporated. Furthermore, students will extend and solidify their understanding of the presented principles through critical readings from the primary research literature, as well as student-prepared presentations of individual topics during journal clubs. Finally, students will practice theorectical RNAseq design and experimentation and perform data analysis to identify inflammation-monitoring gene signatures for clinical diagnostics.Efekty uczenia się dla zajęć
| Symbol EU dla zajęć/przedmiotu | Po zakończeniu zajęć i potwierdzeniu osiągnięcia EU student/ka: | Symbole EK dla kierunku studiów |
| Efekt_01 | Obtain a working knowledge of current state of the art of next generation sequencing (NGS)-based methods in Molecular Diagnostics, prognostics and predictive medicine. | NK_W01, NK_W09, NK_W06, NK_W02, NK_W03, NK_U01, NK_K02 |
| Efekt_02 | Extend and solidify their understanding of the presented principles through critical readings from the primary research literature, as well as student-prepared presentations of individual topics during journal clubs. | NK_U03, NK_U06, NK_U04, NK_U08 |
| Efekt_03 | Practice theorectical RNAseq design and experimentation and perform data analysis to identify inflammation-monitoring gene signatures for clinical diagnostics. | NK_W05, NK_U01, NK_U02, NK_U03, NK_U06, NK_U08, NK_K01 |
Treści programowe
| Lp. | Treści programowe dla zajęć/przedmiotu | Symbol EU dla zajęć/przedmiotu |
| 1. |
Gene expression profiling technologies (Microarrays, RNAseq) |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03 |
| 2. |
Gene expression signatures in cancer Diagnostics, prognostics and predictive medicine. |
Efekt_01, Efekt_02 |
| 3. |
Chromatin binding technologies (ChIPseq) |
Efekt_01, Efekt_02 |
| 4. |
Diagnostics and Prognostics of Kidney Cancer |
Efekt_01, Efekt_02 |
| 5. |
Diagnostics and Therapeutics of Cardiovascular Disease |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03 |
| 6. |
Pre-natal Diagnostics (Genetics and Targeted Gene Sequencing-based techniques) |
Efekt_01, Efekt_02 |
| 7. |
Clinical Diagnostics: Multiplex Real-time PCR and NGS-based assays |
Efekt_01, Efekt_02 |
| 8. |
Literature knowledge |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03 |
| 9. |
Practicals |
Efekt_01, Efekt_02, Efekt_03 |
Informacje dodatkowe
| Metody i formy prowadzenia zajęć | |
|---|---|
| Wykład z prezentacją multimedialną wybranych zagadnień | |
| Wykład konwersatoryjny | |
| Dyskusja | |
| Praca z tekstem | |
| Rozwiązywanie zadań (np.: obliczeniowych, artystycznych, praktycznych) | |
| Metoda ćwiczeniowa | |
| Metoda warsztatowa | |
| Metoda projektu | |
| Praca w grupach |
| Sposoby oceniania | Symbole EK dla modułu zajęć/przedmiotu | |||
|---|---|---|---|---|
| EK_1 | EK_2 | EK_3 | ||
| Test | x | |||
| Projekt | x | |||
| Raport | x | |||
| Prezentacja multimedialna | x | |||
| Kryteria oceniania wg skali stosowanej w UAM | |
|---|---|
| bardzo dobry (bdb; 5,0): | Very good (bdb; 5,0): Clear attainment of the course outcomes, showing complete and comprehensive understanding of the course content, with development of relevant skills and intellectual initiative to an extremely high level. |
| dobry plus (+db; 4,5): | Good plus (+db; 4,5): Substantial attainment of the course outcomes, showing a high level of understanding of the course content, with development of relevant skills and intellectual initiative to a high level. |
| dobry (db; 4,0): | Good (db; 4,0): Sound attainment of the course outcomes, showing good understanding of the course content, with development of relevant skills and intellectual initiative to good level. |
| dostateczny plus (+dst; 3,5): | Satisfactory plus (+dst; 3,5): Some attainment of the course outcomes, showing some understanding of the course content, with development of relevant skills and intellectual initiative to rather good level. |
| dostateczny (dst; 3,0): | Satisfactory (dst; 3,0): Weak attainment of the course outcomes, showing acceptable understanding of the course content, with development of relevant skills and intellectual initiative to acceptable level. |
| niedostateczny (ndst; 2,0): | Unsatisfactory (ndst; 2,0): Very weak attainment of the course outcomes, showing not passable understanding of the course content, with development of relevant skills and intellectual initiative to not acceptable level. |
Literatura
Nakład pracy studenta i punkty ECTS
| Forma aktywności | Średnia liczba godzin* na zrealizowanie aktywności | |
|---|---|---|
| Godziny zajęć (wg planu studiów) z nauczycielem | 45 | |
| Praca własna studenta: | ||
| Przygotowanie do zajęć | 20 | |
| Czytanie wskazanej literatury | 10 | |
| Przygotowanie pracy pisemnej, raportu, prezentacji, demonstracji, itp. | 10 | |
| Przygotowanie projektu | 10 | |
| Przygotowanie pracy semestralnej | ||
| Przygotowanie do egzaminu / zaliczenia | 15 | |
| SUMA GODZIN | 110 | |
| LICZBA PUNKTÓW ECTS DLA MODUŁU ZAJĘĆ/PRZEDMIOTU | 4 | |
* godzina (lekcyjna) oznacza 45 minut